Введение в биоинформатику: метагеномика
15.02.20218 недель Открытое образование

О курсе

Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом только около 2% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы, связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов.

В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа; математических подходов, лежащих в основе созданных специально для этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки метагеномов, их аннотации и применения.

С середины курса участникам будет предложен проект, по результатам работы над которым и будет в основном оцениваться степень освоения ими материала курса.В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ.

Результат

Курс познакомит студентов с разнообразием данных, производимых с помощью новых технологий геномного сиквенса, их особенностями, и способами их использования в решении как исследовательских, так и практических задач. Для приобретения практических навыков и более глубокого понимания теоретических основ, студентам будут даны практические задания, направленные на анализ реальных лабораторных и клинических данных. Особенностью курса является и то, что читается он на русском языке, а иллюстрационный материал лекций подготовлен на английском языке, что поможет студентам быстрее освоить лексику, используемую в международных публикациях и на конференциях.

Формируемые компетенции

  • задачи, которые ставят необходимость исследования сложных микробных сообществ перед медиками, биологами, программистами и математиками;
  • 1. Знать и понимать:

  • программные продукты и аналитические платформы, созданные для работы с метагеномными данными;
  • методы и подходы их решения;
  • математические алгоритмы, лежащие в основе таких программ.
  • 2. Уметь:

    После прохождения курса «Введение в биоинформатику: метагеномика» обучающиеся будут:

  • оценивать сложность задач и требуемых для их решения ресурсов (лабораторных и компьютерных);
    • правильно выбирать и создавать программные продукты для решения поставленной задачи.
    • оценивать качество произведенных данных с точки зрения поставленной задачи;
    • правильно планировать эксперимент;
    • О преподавателях

      Входные требования

      ая с уровня последнего года бакалавриата и далее.
      Курс предназначен для тех, кто готов учиться, готов осваивать новые, передовые знания, необходимые уже сегодня всем биологам, медикам, экологам и многим другим. Навыки программирования не обязательны, но очень приветствуются. Приглашаются слушатели, начин

      Содержание курса

      Профессии, специальности и направления подготовки
      02.04.01 Математика и компьютерные науки
      06.00.00 Биологические науки
      09.00.00 Информатика и вычислительная техника
      Область деятельности
      Инженерное дело, технологии и технические науки
      Математические и естественные науки
      Дата окончания записи25.12.2021
      Трудоёмкость в з.е.2.0
      Количество лекций8
      Дата ближайшего старта15.02.2021
      Дата окончания31.12.2021
      ID курса4a963beed22c45cabda9a98a8400f6df
      К-во обучающихся на версии курса10530
      ЯзыкРусский
      Длительность8 недель
      СертификатЕсть
      Версия7

      Рекомендуемые курсы

      Правообладатель
      Университет ИТМО
      Правообладатель
      Университет ИТМО
      Правообладатель
      МГУ имени М.В.Ломоносова
      Правообладатель
      МГУ имени М.В.Ломоносова
      Правообладатель
      МГУ имени М.В.Ломоносова
      Правообладатель
      МГУ имени М.В.Ломоносова

      Рецензии и оценки

      Отзывы 0
      Чтобы оставить отзыв необходимо войти